É possível fixar separação no WMS por usuário/empresa?

Resposta: Sim.

É possível efetuar a configuração na tela: 
"Configurações por Usuário"(WMS » Rotinas » Configurações por Usuário).
Especificando por usuários as unidades e as tarefas permitidas.

E, na aba "Validações" pode inserir uma regra criada na rotina:
"Central de Certificações" (Comercial » Avançado » Certificações » Central de Certificações), com permissão/proibição por empresa.