É possível fixar separação no WMS por usuário/empresa?

Sim. É possível efetuar a configuração na tela: "Configurações por Usuário" (Caminho de acesso: WMS » Rotinas » Configurações por Usuário), especificando por usuários as unidades e as tarefas permitidas.

E, na aba "Validações", pode ser inserida uma regra criada na rotina: "Central de Certificações" (Caminho de acesso: Comercial » Avançado » Certificações » Central de Certificações), com permissão/proibição por empresa.