Ao acessar a rotina de geração do EFD-ICMS/IPI, quando não informado a empresa é possível ocultar as empresas inativas no pop-up de escolha das empresas?

Sim, é possível. Para isso, acesse: 'Comercial » Preferências » Empresa', aba Livros Fiscais e desmarque a opção 'Gerar Livros'.

Veja exemplo, Empresa 2:

Com a opção marcada, a empresa 2 é apresentada na grade de seleção de empresas.

Com a opção desmarcada, a empresa 2 NÃO é apresentada na grade de seleção de empresas.

Esta opção visa atender empresas que possuem diversos cadastros de empresas, nas quais algumas podem estar Inativas ou não tem obrigação de gerar o SPED Fiscal, tornando assim mais fácil selecionar apenas as empresas que são obrigatórias a geração do arquivo.